Правительство Республики Казахстан является Единственным акционером в Холдинге «Байтерек». Холдинг полностью владеет дочерними компаниями. Доля государства в акционерном капитале представлена Министерством индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан.
В состав Правления входят представители Правительства Республики Казахстан, руководство Холдинга «Байтерек» и независимые специалисты.
В составе Холдинга работают 11 дочерних организаций,
каждая из которых выполняет свою роль в экономике страны.
Поддерживая крупные предприятия, АО "Банк Развития Казахстана", АО «Экспортная страховая компания «KazakhExport», АО "Казына Капитал Менеджмент", ТОО "Kazakhstan Project Preparation Fund" и АО "Инвестиционный Фонд Казахстана" предоставляют такие инструменты поддержки, как долговое и долевое финансирование, страхование экспортных операций, лизинговое финансирование и консультационную поддержку по структурированию и сопровождению проектов, в том числе реализуемых по механизму ГЧП.